После событий прошлого года во 2 сезоне возвращаться в интернат казалось невозможным. Но после окончания весенних каникул все герои опять собрались в элитной школе, полные решимости продолжить страшное расследование. К удивлению учеников, соперники Андрей с Максимом превратились в лучших друзей. Никто не подозревает, какая ужасная тайна объединила мальчишек. Не вернулась заведующая учебной частью, считавшаяся невестой директора. Почему, никто ответить не в состоянии. Удаётся открыть непонятную раньше дверь в подземелье. Там скрыто очередное подтверждение творившихся тут зверств. Дворянская усадьба была переделана после окончания Великой Отечественной войны в спецприёмник, где содержали детей людей, признанных врагами народа.
Именно сюда удалось перебраться нацистским преступникам, чтобы проводить эксперименты над сиротами в детском доме. До сих пор в глубоких подвалах разрабатываются лекарства и вирусы, способные уничтожить всё население планеты. Ребятам суждено проникнуть в невероятные секреты кровожадных учёных, использующих закрытое учебное заведение в своих целях. Одним из воспитанников в советские годы был нынешний директор, скрывающий такой факт своей биографии.