Учащаются попытки школьников сбежать из закрытой зоны в 5 сезоне. Военные не ограничиваются патрулированием. Начинается минирование территории вокруг закрытой школы. Ситуация в учебном заведении уже не является тайной, и Виктор, бывший директор, даёт интервью журналистам. Надежда на создание вакцины ещё теплится, но человека, который пытался это сделать, находят лежащим без сознания. Лекарство заканчивается, что грозит смертью всем инфицированным. Становится жизненно важно найти похищенные запасы. По-прежнему не удаётся обнаружить предателя. Продолжаются шокирующие открытия о прошлом «Логоса». Видимо, экспериментаторам удалось добиться своей цели, создать генномодифицированного человека.
Некоторые ребята видят призраков. Странно начинают себя вести все обитатели пансионата. Пытаясь доискаться причины такого поведения, ученики находят ключи к ещё одному подземелью усадьбы. Заболевает Максим. Пока он находился при смерти, военные приняли решение эвакуировать оставшихся невредимыми подростков, а все здания сжечь. Но далеко не всем суждено выбраться, хотя все загадки разгаданы. Секретов больше не осталось, тайные лаборатории перестали действовать. «Логос» обречён на уничтожение.